Untuk sebagian besar, gameplay melintasi tujuh dunia yang termasuk adalah keseimbangan tindakan dan pemecahan puzzle yang berputar di sekitar keterampilan Ben Alien Force Battle Forms. Ben mungkin perlu berubah menjadi bentuk humungousaur-nya untuk menembus pintu, atau menggunakan bentuk rawa-nya untuk menyalakan zat yang mudah terbakar. Setiap bentuk memiliki kombinasi yang berbeda dan serangan khusus yang dapat dieksekusi, dan Ben dapat membuka kemampuan baru dengan mengalahkan musuh dan mengumpulkan bola energi bersinar.
Namun, ada satu elemen gameplay yang harus diperhatikan para pemain: Menggunakan kemampuan bawaan bentuk mengalirkan energi dari meteran omnitrix Ben, mencegah mereka terus digunakan sampai meteran dapat mengisi ulang. Akibatnya, pemain perlu fokus pada kombo dan menyimpan serangan khusus mereka untuk menyelesaikan pukulan alih-alih terus-menerus menggunakan mereka dalam pertempuran.
Kisah dimulai sebagai Vilgax Invades Bellwood dengan proyektor Void null raksasa, merilis Ratusan null membacung tahanan ke kota. Ben mencoba untuk berubah menjadi alien x, tetapi Profesor Paradox menghentikannya, menyatakan bahwa sekarang bukan waktu yang tepat untuk menggunakan alien X. Sebaliknya, mereka berpisah untuk mengatasi invasi. Ben memperjuangkan jalannya ke PSYPHON (yang mengoordinasikan serangan dari permukaan tanah), tetapi ketika Ben mengalahkan PSYPHON, ia membawa untuk hidup seorang Mr. Smoothy menandatangani sebagai gangguan.
Ben mengalahkan Mr. Smoothy dengan cepat Memukulnya dengan setiap alien dalam gudang senjata-Nya, kecuali untuk meriam dan alien x, dan dalam proses menempatkan omnitrix menjadi mode reboot dan mengunci sebagian besar gudang senjatanya. Azmuth muncul di bahu Ben dan memeriksa omnitrix, mengatakan bahwa perlu mengisi ulang sebelum Ben dapat mengakses semua alien lagi. Untuk memperburuk keadaan, Profesor Paradoks memberi tahu tim bahwa Vilgax telah berhasil mengambil alih Bumi, jadi dia mengirim mereka kembali cukup jauh untuk menghancurkan setiap sumber daya untuk proyektor void null-nya mungkin di seluruh galaksi, yang menyatakan bahwa yang pertama adalah Daur ulang dari limbah radioaktif beracun vulpin: planet rumah Wildmutt, namun hanya spidermonkey, dingin, humungfire, rawa, dan meriam tersedia. (Hanya Swampfire dan Goop yang tersedia dalam versi DS).
Tiba di Vulpin, Ben Orders Gwen, Kevin, dan Kapal untuk tetap tinggal, karena jika vilgax tiba, itu akan menggabungkan semuanya. Pegang dia. Ben melawan jalannya di sepanjang kilang, melalui bioid Vilgax, vulpivancer lokal, dan ular berkepala dua raksasa. Ben kemudian menemukan Vreedle Brothers (Darkstar menggantikan Vreedle Brothers dalam versi DS) dan berhasil mengalahkan mereka. Kemudian, Ben menemukan pesan holografis dari Max, menyatakan bahwa yang dihancurkan Ben bukan satu-satunya, dan menjawab bahwa dia saat ini sedang dalam perjalanan ke Terradino: Planet Humungousaur, untuk menghancurkan inti energi di sana. Goop kemudian dibuka.