En su mayor parte, el juego en los siete mundos incluidos es un equilibrio de acción y resolución de rompecabezas que gira en torno a las habilidades de las formas de batalla de Ben Alien Force. Ben podría necesitar cambiar a su forma humunusausa para romper las puertas, o usar su forma de swamp fuego para encender sustancias inflamables. Cada forma tiene diferentes combinaciones y ataques especiales que puede ejecutarse, y Ben puede desbloquear nuevas habilidades al derrotar a los enemigos y recoger orbes de energía brillante.
Sin embargo, hay un elemento de juego que los jugadores deben tener en cuenta: usar las capacidades innatas de un formulario drena la energía del medidor Omnitrix de Ben, evitando que se utilicen continuamente hasta que el medidor pueda recargarse. Como resultado, los jugadores deberán centrarse en los combos y salvar sus ataques especiales por acabar con los golpes en lugar de empuñarlos constantemente en la batalla.
La historia comienza cuando Vilgax invade Bellwood con un gigantesco proyector nulo nulo, lanzando Cientos de prisioneros nulos nulos en la ciudad. Ben intenta transformarse en Alien X, pero el profesor Paradox lo detiene, afirmando que ahora no es el momento adecuado para usar Alien X. En su lugar, se separaron para abordar la invasión. Ben lucha contra Psyphon (que está coordinando el ataque desde el nivel del suelo), pero cuando Ben derrota a Psyphon, le da vida a un Sr. Smoothy Sign como una distracción.
Ben derrota al Sr. Smoothy Golpearlo con cada alienígena en su arsenal, a excepción de CannonBolt y Alien X, y en el proceso pone al modo Omnitrix en el modo de reinicio y bloquea la mayor parte de su arsenal. Azmuth aparece en el hombro de Ben y examina el Omnitrix, diciendo que debe recargarse antes de que Ben pueda acceder a todos los alienígenas nuevamente. Para empeorar las cosas, el profesor Paradox informa al equipo que Vilgax se ha asumido con éxito a la Tierra, por lo que los envía de vuelta lo suficiente con el tiempo para destruir cada fuente de poder para su proyector nulo de vacío en toda la galaxia, afirmando que el primero está siendo Reciclado de los residuos radiactivos tóxicos de Vulpin: el planeta doméstico de Wildmutt, sin embargo, solo Spidermonkey, Big Shill, Humungousur, Swantfire y CannonBolt están disponibles. (Solo Swampfire y Goop están disponibles en la versión DS).
Llegando a Vulpin, Ben ordena a Gwen, Kevin y la nave a quedarse, porque si Vilgax llega, los llevará a todos ellos combinados para mantenerlo fuera Ben lucha a su camino a través de la refinería, pasando por los bioids de Vilgax, el vulpimencer local y una serpiente gigante de dos cabezas. Ben luego encuentra a los hermanos Vreedle (Darkstar reemplaza a los hermanos Vreedle en la versión DS) y se las arregla para derrotarlos. Luego, Ben encuentra un mensaje holográfico de Max, afirmando que el Ben destruido no es el único, y responde que actualmente está de camino a Terradino: el planeta de la casa de Humungousaur, para destruir el núcleo de la energía allí. GOOP se desbloquea.
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