Na maior parte, a jogabilidade entre os sete mundos incluídos é um equilíbrio de ação e resolução de quebra-cabeças que gira em torno das habilidades de formas de batalha de força alienígena. Ben pode precisar mudar para sua forma de humunungoura para romper por portas, ou usar sua forma de swampfire para acender substâncias inflamáveis. Cada formulário tem diferentes combinações e ataques especiais que ele pode executar, e Ben pode desbloquear novas habilidades, derrotando os inimigos e coletando orbes de energia brilhantes.
No entanto, há um elemento de jogabilidade que os jogadores devem estar cientes: Usando as habilidades inatas de uma forma drena energia do medidor Omnitrix de Ben, impedindo-as de ser usadas continuamente até que o medidor possa recarregar. Como resultado, os jogadores precisarão se concentrar em combos e salvar seus ataques especiais para acabamentos de acabamento em vez de empunhá-los constantemente em batalha.
A história começa como Vilgax invade o Bellwood com um gigantesco projetor nulo ao vácio, liberando Centenas de prisioneiros nulos para a cidade. Ben tenta se transformar em Alien X, mas o Professor Paradoxá-lo, afirmando que agora não é o momento certo para usar o Alien X. Em vez disso, eles se separam para enfrentar a invasão. Ben luta contra Psyphon (que está coordenando o ataque do nível do solo), mas quando Ben derrota Psyphon, ele traz à vida um sinal de smoothy como uma distração.
Ben derrota rapidamente Batendo-o com todos os estrangeiros em seu arsenal, exceto por Cannonbolt e Alien X, e no processo coloca o Omnitrix no modo de reinicialização e bloqueia a maior parte do seu arsenal. A azmuth aparece no ombro de Ben e examina o Omnitrix, dizendo que ele precisa recarregar antes que Ben possa acessar todos os alienígenas novamente. Para piorar, o Professor Paradox informará a equipe que Vilgax assumiu com sucesso a Terra, então ele os envia longe o suficiente para destruir todas as fontes de energia para seu projetor nulo vazio em toda a galáxia, afirmando que o primeiro está sendo Reciclado do desperdício radioativo tóxico de Vulpin: Planeta em casa de Wildmutt, no entanto apenas Spidermonkey, Big Chill, Humungousur, Swampfire e Cannonbolt estão disponíveis. (Somente Swampfire e Goop estão disponíveis na versão DS).
Chegando ao Vulpin, Ben ordena Gwen, Kevin e envio para permanecer, porque se a Vilgax chegar, ela levará todas elas combinadas para segure-o. Ben luta contra a refinaria, passando por bioides de Vilgax, o vulpímancer local e uma cobra gigante de duas cabeças. Ben então encontra os irmãos Vreedle (Darkstar substitui os irmãos Vreedle na versão do DS) e gerencia os derrotá-los. Então, Ben encontra uma mensagem holográfica de Max, afirmando que o um Ben destruiu não é o único, e responde que atualmente está a caminho de Terradino: Planeta Home de Humungousuros, para destruir o núcleo de energia lá. Goop é então desbloqueado.
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