Untuk sebahagian besar, permainan di seluruh dunia termasuk dunia adalah keseimbangan tindakan dan penyelesaian teka-teki yang berputar di sekitar kemahiran Ben Alien Force Battle Forms. Ben mungkin perlu mengubah bentuk humungousaurnya untuk memecahkan pintu, atau menggunakan bentuk Swampfire untuk menyalakan bahan mudah terbakar. Setiap bentuk mempunyai kombinasi yang berbeza dan serangan khas yang dapat dilaksanakan, dan Ben dapat membuka kunci kebolehan baru dengan mengalahkan musuh dan mengumpul bola-bola yang bersinar.
Walau bagaimanapun, terdapat satu elemen gameplay yang pemain harus sedar: Menggunakan kebolehan innate borang mengalirkan tenaga dari meter Omnitrix Ben, menghalang mereka daripada terus digunakan sehingga meter boleh mengecas semula. Akibatnya, pemain perlu memberi tumpuan kepada kombo dan menyelamatkan serangan khas mereka untuk menamatkan pukulan dan bukannya sentiasa menggunakannya dalam peperangan.
Cerita bermula sebagai Vilgax menyerang Bellwood dengan projektor tidak sah nol yang raksasa, melepaskan projektor Beratus-ratus tahanan tidak sah null ke bandar. Ben cuba untuk berubah menjadi Alien X, tetapi Profesor Paradox menghentikannya, menyatakan bahawa sekarang bukan masa yang tepat untuk menggunakan Alien X. Sebaliknya, mereka berpecah untuk menangani pencerobohan itu. Ben melawan jalan ke Psyphon (yang menyelaraskan serangan dari peringkat bawah), tetapi ketika Ben mengalahkan Psyphon, dia membawa kepada Tanda Mr Smoothy sebagai gangguan.
Ben mengalahkan Encik Smoothy dengan cepat Memukulnya dengan setiap orang asing di arsenalnya, kecuali untuk meriam dan alien X, dan dalam proses meletakkan Omnitrix ke dalam mod reboot dan mengunci sebahagian besar senjata. Azmuth muncul di bahu Ben dan meneliti Omnitrix, dengan mengatakan bahawa ia perlu mengecas semula sebelum Ben boleh mengakses semua orang asing lagi. Untuk membuat perkara yang lebih teruk, Profesor Paradox memaklumkan pasukan bahawa Vilgax telah berjaya mengambil alih Bumi, jadi dia menghantar mereka kembali jauh dalam masa untuk memusnahkan setiap sumber kuasa untuk projektor tidak sahnya yang mungkin di seluruh galaksi, yang menyatakan yang pertama adalah dikitar semula dari pembaziran radioaktif toksik Vulpin: Planet Rumah Wildmutt, namun hanya Spidermonkey, Big Chill, Humungousaur, Swampfire, dan Cannonbolt boleh didapati. (Hanya Swampfire dan Goop boleh didapati dalam versi DS).
Tiba di Vulpin, Ben pesanan Gwen, Kevin, dan kapal untuk tetap meletakkan, kerana jika Vilgax tiba, ia akan mengambil semua yang digabungkan ke tahan dia. Ben melawan jalannya di seluruh kilang penapisan, melalui bioids Vilgax, vulpimancer tempatan, dan ular berkepala dua gergasi. Ben kemudian mendapati saudara-saudara Vreedle (Darkstar menggantikan Brothers Vreedle dalam versi DS) dan berjaya mengalahkan mereka. Kemudian, Ben menemui mesej holografi dari Max, yang menyatakan bahawa satu Ben dimusnahkan bukan satu-satunya, dan menjawab bahawa dia sedang dalam perjalanan ke Terradino: planet rumah Humungousaur, untuk memusnahkan teras tenaga di sana. Goop kemudian dibuka.