Per la maggior parte, il gameplay tra i sette mondi inclusi è un equilibrio d'azione e la risoluzione dei puzzle che ruota attorno alle abilità delle forme di battaglia Ben Alien Force. Ben potrebbe aver bisogno di cambiare nella sua forma di Humungousaur per sfondare le porte, o utilizzare la sua forma di Swampfire per accendere le sostanze infiammabili. Ogni forma ha combinazioni diverse e attacchi speciali che può essere eseguito, e Ben può sbloccare nuove abilità sconfiggendo i nemici e la raccolta di energia luminosa.
Tuttavia, c'è un elemento gameplay che i giocatori dovrebbero essere a conoscenza di: Usare le abilità innate di un modulo Drena l'energia dal metro Omnitrix di Ben, impedendo loro di essere utilizzato continuamente fino a quando lo strumento può ricaricare. Di conseguenza, i giocatori dovranno concentrarsi sulle combo e salvare i loro attacchi speciali per finire i colpi invece di brandarli costantemente in battaglia.
La storia inizia come Vilgax invade Bellwood con un gigantesco proiettore NULL Void, rilasciando Centinaia di prigionieri nulla nullo in città. Ben tenta di trasformarsi in Alien X, ma il professor Paradox lo ferma, affermando che ora non è il momento giusto per usare Alien X. Invece, si dividono per affrontare l'invasione. Ben lotta per il Psyphon (che sta coordinando l'attacco dal livello del terreno), ma quando Ben sconfigge il Psyphon, porta alla vita un segno di signor Smooty come distrazione.
Ben sconfigge il signor Smoothy Colpendolo con ogni alieno nel suo arsenale, ad eccezione di cannonbolt e aliene x, e nel processo mette l'Omnitrix in modalità di riavvio e blocca la maggior parte del suo arsenale. Azmuth appare sulla spalla di Ben ed esamina l'Omnitrix, dicendo che ha bisogno di ricaricare prima che Ben possa accedere nuovamente a tutti gli alieni. Per rendere le cose peggiorate, il professor Paradox informa la squadra che Vilgax ha rilevato con successo la Terra, quindi li manda abbastanza lontano nel tempo per distruggere ogni fonte di energia per il suo proiettore nulla possibile in tutta la galassia, affermando che il primo è essere Riciclato dai rifiuti radioattivi tossici di Vulpin: il pianeta di casa di Wildmutt, tuttavia solo Spidermonkey, Big Chill, Humungousaur, Swampfire e Cannonbolt sono disponibili. (Swampfire e GOOP sono disponibili solo nella versione DS).
Arrivando su Vulpin, Ben ordina Gwen, Kevin e spedire a rimanere messo, perché se Vilgax arriva, ci prenderà tutti combinati tienilo fuori. Ben combatte per tutta la raffineria, passando attraverso i bioidi di Vilgax, il vulpimatore locale e un gigantesco serpente a due teste. Ben trova quindi i fratelli Vreedle (Darkstar sostituisce i fratelli Vreedle nella versione DS) e riesce a sconfiggerli. Poi, Ben trova un messaggio olografico da Max, affermando che l'unico Ben distrutto non è l'unico, e risponde che è attualmente in arrivo per Terradino: il pianeta di casa di Humungousaur, per distruggere il nucleo energetico lì. Goop è quindi sbloccato.